O Conselho de Região Hidrográfica (CRH) é um órgão consultivo da ARH do Alentejo, I.P. e nele estão representados os ministérios, outros organismos da Administração Pública, os municípios directamente interessados e as entidades representativas dos principais utilizadores relacionados com o uso consumptivo e não consumptivo da água, bem como as organizações técnicas, cientificas e não governamentais representativas dos usos da água nas bacias hidrográficas do Guadiana, Sado e Mira e outras pequenas ribeiras adjacentes.

De acordo com o artigo 12º da Lei da Água compete ao Conselho de Região Hidrográfica:

a) Apreciar e acompanhar a elaboração do Plano de Gestão da Bacia Hidrográfica e os Planos Específicos de Gestão das Águas, devendo emitir parecer antes da respectiva aprovação;

b) Formular ou apreciar a proposta de objectivos de qualidade da água para a bacia hidrográfica;

c) Dar parecer sobre a proposta de taxa de recursos hídricos;

d) Pronunciar-se sobre questões relativas à repartição das águas;

e) Apreciar as medidas a tomar contra a poluição;

f) Formular propostas de interesse geral para uma ou mais bacias da região hidrográfica;

g) Dar parecer sobre o Plano de Actividades e o Relatório e Contas da ARH;

h) Dar parecer sobre o Plano de Investimentos Públicos a realizar no âmbito das respectivas regiões hidrográficas;

i) Dar parecer sobre outros programas e medidas que o Presidente da ARH submeta à sua apreciação.

A composição do Conselho de Região Hidrográfica, definida nos Estatutos da ARH do Alentejo I.,P. considera, para além do presidente e do secretário-geral, o seguinte:

19 representantes da Administração do Estado:

•  Um representante do Instituto da Água, I.P., um representante da Agência Portuguesa de Ambiente, um representante do Instituto de Conservação da Natureza e Biodiversidade, I.P., um representante da Entidade Reguladora de Sistemas de Água e Resíduos, I.P.;
• um representante da Comissão de Coordenação e Desenvolvimento Regional do Alentejo, um representante da Comissão de Coordenação e Desenvolvimento Regional do Algarve e um representante da Comissão de Coordenação e Desenvolvimento Regional de Lisboa e Vale do Tejo;
• Um representante da Direcção Geral de Agricultura e Desenvolvimento Rural, um representante das estruturas regionais do Ministério da Agricultura do Desenvolvimento Rural e das Pescas, um representante da Direcção Geral dos Recursos Florestais, um representante da Direcção Geral das Pescas e Aquicultura, um representante da Direcção Geral de Energia e Geologia, um representante da Direcção Geral de Saúde, um representante das Administrações Regionais de Saúde, I.P., um representante das Direcções Regionais de Agricultura e Pescas e um representante das Direcções Regionais de Economia, abrangidas pela área de influência das Regiões Hidrográficas 6 e 7;
• Um representante do Departamento Marítimo do Centro, um representante do Departamento Marítimo do Sul, um representante do Instituto Portuário e de Transportes Marítimos, I.P., um representante do Instituto de Turismo de Portugal, I.P., um representante da Autoridade Nacional de Protecção Civil;

41 representantes dos utilizadores com interesses directos ou indirectos na gestão da água:

• Um representante da APSS - Administração dos Portos de Setúbal e Sesimbra, S.A.,um representante da APS - Administração do Porto de Sines S.A.;
• Um representante das Regiões de Turismo de Évora, da Planície Dourada e de S. Mamede, um representante da Região de Turismo da Costa Azul, um representante da Região de Turismo do Algarve,
• Um representante dos Municípios da NUT III – Algarve, um representante dos Municípios da NUT III – Alentejo – Litoral, dois representantes dos Municípios da NUT III – Baixo Alentejo, dois representantes dos Municípios da NUT III – Alentejo Central, um representante dos Municípios da NUT III – Alto Alentejo, um representante dos Municípios da NUT III – Península de Setúbal;
• Um representante das entidades gestoras de serviços de águas de nível multimunicipal, um representante das entidades gestoras de serviços de águas de nível intermunicipal, um representante das entidades gestoras de serviços de águas concessionados a entidades com capital maioritariamente privado, um representante das entidades gestoras de serviços de águas de nível municipal;
• Um representante de associações de utilizadores de recursos hídricos, um representante da Empresa de Desenvolvimento e Infra-estruturas de Alqueva, S.A;
• Um representante dos produtores de energia hidroeléctrica;
• Um representante de associações industriais, um representante das associações de agricultores, um representante de associações de regantes, um representante de associações de pescas e aquicultura;
• Um representante do Núcleo Empresarial da Região de Évora (NERE), um representante do Núcleo Empresarial da Região de Beja e Alentejo Litoral (NERBE/AEBAL), um representante do Núcleo Empresarial da Região de Portalegre (NERPOR), um representante da Associação Empresarial da Região do Algarve (NERA), um representante da Associação Empresarial da Região de Setúbal (AERSET), um representante de indústrias do sector agro-industrial e agro-pecuário;
• Dois representantes de ordens profissionais de relevo na área do ambiente e recursos hídricos, dois representantes de instituições de ensino superior, investigação, desenvolvimento e inovação, dois representantes de associações científicas e técnicas na área do ambiente e recursos hídricos, dois representantes de organizações não-governamentais de ambiente e dos recursos hídricos;
• Até quatro individualidades de reconhecido mérito, prestígio académico ou profissional e trabalho de relevo desenvolvido na área dos recursos hídricos, com particular incidência nas Regiões Hidrográficas 6 e 7.

A presidência do CRH é exercida pelo presidente da ARH do Alentejo, I.P., o qual, nas suas faltas e impedimentos, é substituído pelo vice-presidente daquela entidade. O presidente do CRH, por sua iniciativa ou por requerimento prévio dos vogais, pode convidar ou autorizar a participar nas reuniões deste órgão consultivo, ainda que sem direito a voto, outros técnicos, peritos ou representantes de entidades públicas ou privadas com interesses em áreas relacionadas com os recursos hídricos, visando a implementação de mecanismos adicionais de participação pública e de envolvimento das partes interessadas.O CRH pode deliberar a constituição de grupos de trabalho, com composição e mandato definido, para a elaboração de pareceres, relatórios, estudos ou informações destinados a apoiar a respectiva actividade. Pode ainda deliberar a constituição de conselhos consultivos de âmbito sub-regional, devendo o acto deliberativo indicar as entidades que o compõem e definir os aspectos inerentes à organização e funcionamento do mesmo. Estes conselhos consultivos de âmbito sub-regional são presididos pelo presidente da ARH do Alentejo, I.P. e integram na respectiva composição o secretário-geral do CRH.O CRH reúne, ordinariamente três vezes por ano e, extraordinariamente, sempre que convocado pelo seu presidente, por sua iniciativa ou por solicitação de, pelo menos, um terço dos vogais, podendo as reuniões extraordinárias ser efectuadas por secções, consoante as matérias ou competências a exercer.

Apesar de não representado no CRH devido á natureza especifica das suas atribuições, salienta-se neste contexto, pela sua relevância, a articulação estreita que a ARH do Alentejo, I.P. pretende manter com o Serviço de Protecção da Natureza (SEPNA) da GNR, em diversos domínios de que se destacam a fiscalização, monitorização e procedimento contra-ordenacional em matéria de recursos hídricos.